二世帯住宅は必ず別に住むことをおすすめします、同じ建物に住んでいるのですがやはり問題が出てきます。
玄関やトイレなど同じ建物でも別に住むことをしないと違和感を徐々に感じてストレスになるものでしょう、特にお嫁さんがストレスを感じていることを気づかないことが多いのです。
やはり元々他人ですので生活環境などで我慢していることも多いのです、トイレとお風呂と住居は別に住み分けることをおすすめします。
1階と2階に分けるとしても騒音や子供の声などに快く思わない父母もいますので騒音対策もしておくべきだと思われます、出来れば広い土地があるのでしたら長屋のような感覚のほうが無難です。
階層で住み分けるとやはり騒音問題は少なからず出ますのでやはり上下よりも横のほうが無難ですし気が楽なものになるでしょう。
特に気をつけるべきはやはりお嫁さんの住みやすさを優先させないと夫婦関係がギクシャクしてこじれてしまうおそれがあるので大切にすべきですね。
淡路島で注文住宅を2棟新築するのもいいかもしれません。